追記していきます。

システム環境設定ユーティリティ

クリップボード管理ツール

SFTPクライアント

SSH ポートフォワーディング

Mac OS Xネイティブで動くOpenOffice

テキストエディタ

仮想PC

日本語入力システム

.zip、.sit、.rarなどの解凍

正しく.rarを解凍

MacPorts
MacOSXで利用可能なパッケージシステム

VLC media player
メディアプレーヤー

MySQL GUI Tools
MySQLをGUIで操作

muCommander
a cross-platform file manager

MacZip4Win
Windowsで文字化けしない、ZIPアーカイバー

BitTorrent
P2P

Porticus
MacPortsのGUIフロントエンド

Seashore
画像編集ツール
┗日本語化

MacPortsでインストールしたアプリ

convmv
Lingon
lynx
mysql5
nkf
pgAdmin3
postgresql83
postgresql83-server
proctools
wget
scala