「Eclipse.app」をダブルクリックしても、すでにEclipseが起動している場合、存在するプロセスのウィンドウがアクティブになるだけで、Eclipseを複数起動することができません。
「Eclipse.app」と同じ階層にある「eclipse」をダブルクリックすると、別プロセスで起動しますが、新たにターミナルも起動してしまうので、ちょっとスマートではない感じがします。

とりあえず、openコマンドの -n オプションで起動すれば、新たにターミナルを起動することなく別プロセスで起動できました。

$ open -n /Applications/eclipse/Eclipse.app

com.apple.dock.plistとか編集して、Dockからアプリケーションを起動する時に、オプションつけて起動できたりしないかなぁ。。