maven2でwarを生成する際に、除外したいファイルがある場合は、maven-war-pluginの設定を記述します。

• pom.xml

  <build>
    <plugins>
      <plugin>
        <groupId>org.apache.maven.plugins</groupId>
        <artifactId>maven-war-plugin</artifactId>
        <configuration>
          <warSourceExcludes>**/*.html,**/Thumbs.db</warSourceExcludes>
        </configuration>
      </plugin>
    </plugins>
  </build>

除外したいファイルが複数ある場合は、,(カンマ)区切りで記述します。