バージョンは、jQuery 1.3.2、Shadowbox 3.0bです。

Shadowboxのモーダルウィンドウで何かを選択して、制御を親ウィンドウに返したりしたい場合は、次のようにするとよいみたいです。

// 親ウィンドウに値を設定
parent.$('#id').val(id);
// モーダルウィンドウを閉じる
parent.Shadowbox.close();